序卷上本经上品人参甘草黄白术苍术（附）薯蓣石斛酸枣仁大枣芡实莲实莲花（附）莲蕊须（附）莲房（附）莲薏（附）荷叶（附）荷鼻（附）薏苡仁大麻仁巨胜子赤箭干地黄麦门冬天门冬葳蕤牛膝杜仲枸杞枸杞苗（附）地骨皮
前言辅行诀脏腑用药法要一 辨肝脏病证文并方二 辨心脏病证文并方三 辨脾脏病证文并方四 辨肺脏病证候文并方五 辨肾脏病证文并方六 五脏泻方七 救五脏诸劳损病方八 二旦六神大小汤九 救五脏中恶卒死方附录
古今名医方论
针经节要
本草乘雅半偈自序本草乘雅义例别录〔衍〕本草乘雅凡例乘雅半偈采录诸书大意第一帙紫芝青芝赤芝黄芝白芝黑芝人参甘草黄蓍实菟丝子莲实茯苓柏实云母丹砂菖蒲赤箭薯蓣干地黄枸杞菊花麦门冬太一余粮石钟乳龙骨蜂蜜第二帙
管序黄序总论十二时气血流注歌发散方十三味总方十四味加减方七厘散飞龙夺命丹地鳖紫金丹三十六大穴图说少林寺秘传内外损伤主方损伤补药方王瑞柏损伤用药论十全大补汤四物汤四君子汤八珍汤补中益气汤六君子汤加味承气
卷第一玉石部玉屑车渠金线矾波斯白矾金屑银屑石流黄绿盐紫骐竭珊瑚石蟹胡桐泪卷第二草部人参木香草犀根薇白兔藿无风独摇草人肝藤石海根越王余通草兜纳香风延母大瓠藤水海藻昆布阿魏荜茇酱延胡索红豆蔻肉豆蔻零陵香补
首序自序性命篇上性命篇下补遗篇一补遗篇二辟邪篇太极图说注解序周子太极图（缺）无极而太极后跋
简介自序东洞先生著述书日记卷上卷中卷下跋《药征续编》序卷上卷下《药征续编》附录《药征续编》附言十七则
序凡例原叙卷首诊法五脏六腑经气望色闻声问证切脉卷一证治背上头骨两耳眼目唇口鼻孔齿牙舌本咽喉胸前大腹小腹胁肋腰中手臂脚腿前阴后阴大便小便卷二证治寒热呕吐咳嗽喘失血遗精言语心神斑黄出汗肿胀饮食起居倒仆掣动