自叙卷一·温病解第一温病名义附岐伯温义附仲景温义温病根原病原同异风寒异邪营卫殊伤传经大凡太阳经证头痛热渴阳明经证目痛鼻干少阳经证胁痛耳聋三阳传胃太阴经证腹满嗌干少阴经证干燥发渴厥阴经证烦满囊缩三阴入脏
简介序卷一卷二卷三卷四卷五卷六
自叙第一册·诸中门卒中暴厥中风中寒中暑中湿中气中食中恶五绝第一册·诸伤门伤暑伤湿伤燥伤饮食伤劳倦虚劳传尸劳第一册·寒热门发热潮热恶寒往来寒热外热内寒外寒内热上热下寒上寒下热疟厥第二册·诸气门诸气郁痞水
医巫闾子医贯序卷之一玄元肤论内经十二官论阴阳论五行论论五行各有五卷之二主客辨疑中风论王安道中风辨口眼 斜厥伤寒论温病论郁病论卷之三绛雪丹书血症论附方卷之四先天要论（上）八味丸方张仲景八味丸用泽泻论水火
简介序叙卷一卷二卷三卷四卷五卷六卷七卷八卷九卷十书续医说后
产后十八论
医经小学
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一
秘传外科方
序医治整理补接次第口诀又治伤损方论